Hora Boubín (1362 m) spolu s ostře tvarovaným Bobíkem (1264 m) tvoří charakteristickou siluetu šumavské krajiny. Na vrcholu hory se nachází nejen rozhledna, ale také chráněný trigonometrický bod I. řádu a malý obelisk připomínající návštěvu kardinála Fürsta von Schwarzenberga 3. srpna 1867.
Na vrcholu Boubína stojí 21 metrů vysoká dřevěná rozhledna. Návštěvníci se po dřevěném schodišti dostanou až na vyhlídkový ochoz v sedmém nadzemním podlaží, odkud se otevírají pohledy na okolní krajinu.
Boubínský prales, rozkládající se v nadmořské výšce od 920 do 1110 metrů, byl vyhlášen národní přírodní rezervací již v roce 1858. Jedná se o nejzachovalejší zbytek původních rozsáhlých šumavských smíšených horských lesů, známých jako pomezní hvozd. Jádro rezervace je tvořeno převážně bukem, smrkem a jedlí. Nejstarší stromy zde dosahují stáří 300 až 400 let.
Prastaré smrky a jedle, vyčnívající z korunové klenby tvořené převážně bukem, návštěvníky udivují svými rozměry a zajímavými tvary kmenů. Mezi nejznámější patřil smrk 'Král smrků', který padl 4. prosince 1970. Měl obvod 508 cm, výšku 57,2 m a objem téměř 30 m³. Kromě něj lze spatřit i další stromy s neobvyklými růstovými deformacemi, jako jsou mohutné nádory, dvojáky, nebo smrky stojící na široce rozkročených chůdových kořenech.
Národní přírodní rezervace Boubínský prales se nachází 3,5 kilometru severovýchodně od obce Zátoň v okrese Prachatice. Byla vyhlášena 1. ledna 1858 Karlem II. Schwarzenbergem a Josefem Johnem, což z ní činí třetí nejstarší přírodní rezervaci v České republice. Oblast leží v CHKO Šumava a spravuje ji Správa NP a CHKO Šumava.
Rezervace byla zřízena na popud lesníka Josefa Johna a její rozloha se postupně rozrůstala ze 47 ha na současných 685,87 ha. V průběhu let byla část pralesa poničena povětrnostními vlivy, narůstajícím turismem, kůrovcovou kalamitou i přemnoženou zvěří. Z tohoto důvodu byla jádrová část pralesa ohraničena plotem, který zamezuje vstupu turistů a zvěře, a chrání tak mladou generaci stromků.
V minulosti byl prales velmi oblíbeným místem. V roce 1958, kdy došlo k novému vyhlášení Státní přírodní rezervace Boubínský prales, procházelo po trase k Boubínskému jezírku a ke Králi smrků více než sto tisíc návštěvníků ročně. V roce 1963 bylo jádro Boubínského pralesa (o rozloze 47 ha) oploceno a návštěvnost omezena na určitou trasu za doprovodu průvodce. V roce 1979 bylo toto jádro pro veřejnost zcela uzavřeno.
Dne 18. ledna 2007 poničil vrcholové partie v okolí vrchu Boubín orkán Kyrill, a o rok později i vichřice Ema. Tyto události umožnily zvýšený výskyt lýkožrouta smrkového v místech polomů.
Oblast rezervace se rozkládá na kopcích tvořených rulami, nebulity, svory a hrubozrnnými žulami. Horniny vystupují na povrch zřídka, zejména ve hřbetní části Pažení a na vrcholu Boubína, kde mají formu torů nebo mrazových srubů. V údolí Kaplického potoka a na přilehlých svazích se vyskytují zvětralinové pláště štěrkovitých a hlinitých sutí.
Rezervace se rozkládá na rozsáhlém území s vysokým výškovým převýšením, což vede k výskytu různých vegetačních jednotek: květnaté bučiny (Fagion), acidofilní horské bučiny (Luzulo-Fagion) a klimaxové smrčiny (Piceion excelsae). Převažují acidofilní třtinové smrkové bučiny nad 1050 m n. m. Vlivem sloučení jádrové oblasti pralesa a ochranného pásma v roce 1992 se ochrany dočkaly i nepůvodní lesy uměle vysazené člověkem.
Porost tvoří zejména smrky a buky, ale také jedle, jilm a klen. V jádrové oblasti rezervace v současnosti dorůstá pod smrky a jedlemi množství buků, které do několika desetiletí vytvoří souvislé stromové patro. Současně s rozšiřováním buků dochází k pozvolnému klesání zastoupení smrků v rezervaci. Jedle, před 30 lety považovaná za vymírající druh, se zde rovněž začíná obrozovat.
K roku 2011 byl podíl živých stromů s průměrem nad 10 cm následující: smrk 54 %, buk 25,6 %, jedle a klen shodně po 2,3 %. Raritou byl Král smrků, který dosáhl stáří 440 let, výšky 57 m a průměru kolem 160 cm.
V bylinném patře, které je druhově bohaté, se vyskytují například mléčivec alpský, vraní oko čtyřlisté, kokořík přeslenatý a plavuň pučivá. Keřové patro obsahuje zimolez černý či lýkovec jedovatý. Vysoká vzdušná vlhkost a neodklízení mrtvých stromů vede k výskytu řady mechorostů.
Z mykologického hlediska je rezervace velice bohatá. V roce 2004 bylo v vrcholových partiích rezervace pozorováno 311 druhů bezobratlých, z nichž 6 druhů spadá do kategorie zvláště chráněných a 24 druhů do Červených seznamů ohrožených druhů České republiky.
Z ptáků se zde vyskytuje řada zvláště chráněných druhů, jakými jsou například strakapoud bělohřbetý, puštík bělavý a jeřábek lesní. K dutinovým hnízdičům patří žluna šedá, datel černý, strakapoud velký, datlík tříprstý, holub doupňák nebo lejsek malý.
Před výraznějšími zásahy člověka na Šumavě zde žili větší predátoři - medvědi, vlci a rysi. Vlivem jejich vyhubení došlo ke zvýšení četnosti spárkaté zvěře, což má za následek decimaci nižšího stromového patra, protože zvěř okusuje a poškozuje mladé stromky, především jedli bělokorou a javor klen.
Z důvodu ochrany před zvěří byl kolem nejcennější části pralesa vystavěn plot. Jako další obranný mechanismus byla v 80. letech 20. století v oblasti provedena reintrodukce rysa ostrovida, který se od té doby v oblasti úspěšně množí.
Boubínské jezírko (925 m n. m.) bylo vybudováno v roce 1836 jako umělá vodní nádrž pro umožnění plavby dřeva z boubínských lesů do sklárny v Lenoře. Rozloha jezírka je 0,37 ha a jeho největší hloubka u výpusti dosahuje 4 metrů.
Milešický prales (1080-1120 m n. m.) je rezervace o rozloze 8,30 ha, nacházející se na svahu hlavního hřebenu Boubínské hornatiny mezi Boubínem a Bobíkem.
Kolem jádra pralesa je vedena okružní naučná stezka "Boubínský prales". Výchozím místem je Boubínské jezírko. Délka trasy je 3,8 km a obsahuje 8 zastávek, které informují o květeně, dřevinách, ptactvu a zvířatech žijících v pralese a na Šumavě. Jedno ze stanovišť návštěvníky zavede k pozůstatkům Krále smrků.
Budování cest a naučných stezek má však i negativní dopad na stabilitu lesa, jelikož tyto zásahy vedou k nepřirozenému řídnutí lesa a tím k snazším polomům stromů a kůrovcové kalamitě. Dne 14. dubna 2022 uzavřely Lesy ČR vstup na Naučnou stezku Boubínský prales kvůli riziku pádu suchých stromů odumřelých po kůrovcové kalamitě v roce 2019.
Současné hospodaření v NPR Boubínský prales je dáno lesním hospodářským plánem pro léta 2005-2014, jehož výchozím podkladem byl platný plán péče. Mezi hlavní cíle patří přiřazení části pralesovitých porostních zbytků do bezzásahového režimu, prosvětlování kompaktních starých smrčin za účelem vytvoření etážovitých a prostorově členitých lesních ekosystémů, ponechávání všech souší (mimo míst, kde je umožněno jejich kácení z bezpečnostních důvodů) a podsadby bukem, jedlí nebo smrkem místního původu.
Mezi bezzásahové zóny patří jádro pralesa, porosty nad lesní cestou Lukenská, zbytky pralesa u lesní cesty Kytýrka, porosty ve východní části vrcholových partií Boubína a pozemky mezi potokem a oploceným pralesem kolem Knížecí cesty.
V LHP pro období 2005-2014 byly naplánovány úmyslné těžební zásahy v celkové výši 9759 m³, z toho 5523 m³ výchovná těžba na ploše 243,74 ha. Cílem výchovných zásahů je úprava druhové a prostorové skladby a stability s prioritní podporou původních, ale téměř se nevyskytujících dřevin - jedle bělokoré, javoru klenu a jilmu horského.
Za posledních 5 let bylo v porostech NPR mimo bezzásahových území zpracováno a ponecháno 1415 m³ kalamitní dřevní hmoty. Negativní vliv zvěře okusem terminálních výhonů je stále patrný na nárostech jedle bělokoré a javoru klenu.
V posledních letech přibývá kalamitních situací, jako jsou holiny po těžbách na hřbetu Pažení a vývraty na severní části vrcholu Boubína. Tento trend rozpadu starších smrkových porostů je pravděpodobně nezadržitelný.